1059 wird Emmenhausen erstmals als Grenzpunkt des Augsburger Wildbannes erwähnt.

Der Name Hemmenhusa wird erst seit dem 16. Jahrhundert in der jetzigen Form (ohne H) genannt. Er entstand wohl aus der Bezeichnung „bei den Häusern des Hemmo“.

In der zweiten Hälfte des 2. Jahrhunderts wird ein hochstiftisches oder welfisches Ministerialengeschlecht von Emmenhausen erwähnt. Zwei Burgställe sind noch heute feststellbar, wovon der eine heute als Kalvarienberg mit Lourdesgrotte ausgestaltet ist.

Die Pfarrkirche, Patron St. Ulrich, steht inmitten des Friedhofes und wurde 1488 erbaut.